Základy vysokého školství se v Pardubicích začaly tvořit na počátku padesátých let dvacátého století. V návaznosti na rozvíjející se chemický průmysl byla v jejich blízkosti rozhodnutím vlády Československé republiky 27. června 1950 ustavena "Vysoká škola chemická v Pardubicích", která se po třech letech na základě vládního nařízení přeměnila ve "Vysokou školu chemicko-technologickou" v čele s rektorem. Její všestranně rychlý rozvoj umožnil, aby vysokoškolský život mohl po čtyřech desetiletích dostat ve městě nové podněty.
Z iniciativy Svazu měst a obcí se začalo uvažovat, že by v metropoli východních Čech mohla vzniknout fakulta, připravující své absolventy pro nově pojímaný systém veřejné správy. Významným mezníkem v historii školy se stal 17. leden roku 1991, kdy byl přijat nový statut, v němž byla poprvé zakotvena existence dvou fakult: Fakulty chemicko-technologické a nově zřízené Fakulty územní správy. V čele fakulty v této době stáli doc. Ing. Miloš Vítek, CSc., který byl také prvním zvoleným děkanem Fakulty územní správy, a prof. RNDr. Zdeněk Cimpl, CSc., který byl prvním proděkanem pro pedagogiku. Výuka na fakultě začala na podzim roku 1991, kdy do prvního ročníku nastoupili 53 studenti. V říjnu 1993 byla výuka zahájena již v nových prostorách, které vedení vysoké školy získalo pro fakultu v blízkosti kolejí, a to v budově č. 901 (Studentská 84) a fakulta dostává nový název, stává se Fakultou ekonomicko-správní. Děkanem je doc. Ing. Radim Roudný, CSc. V roce 1994 má fakulta své první absolventy bakalářského studia – je jich 48.
Dne 31. března 1994 vzniká z původní Vysoké školy chemicko-technologické Univerzita Pardubice. Významným mezníkem ve vývoji Fakulty ekonomicko-správní se v roce 1995 stalo získání akreditace pro pětileté magisterské studium v oboru ekonomicko-správním. Studium zahrnovalo čtyři hlavní skupiny předmětů: ekonomiky a managementu, předměty právní a správní, předměty informatiky a jazyků. Jejich výuku zajišťovalo šest kateder. Prvních absolventů v roce 1997 bylo 67.
V dalších letech se fakulta rozrůstala nejen co do počtu studentů, ale zejména v šíři studijních oborů a programů. V akademickém roce 1999/2000 se transformoval akreditovaný obor na studijní program Hospodářská politika a správa. Magisterský studijní program nabízel tři zaměření: Veřejná ekonomika a správa; Ekonomika, řízení a finance; Informatika ve veřejné správě.
V roce 1999 se stal děkanem Ing. Josef Pešta, CSc., kterého v době jeho nemoci v roce 2001 zastupoval doc. Ing. Pavel Petr, Ph.D. V tomto roce měla naše fakulta již 1365 studentů.
Od roku 2002 byl jejím nejvyšším představitelem až do roku 2007 prof. Ing. Jan Čapek, CSc. Od 1.1. 2008 byla děkankou doc. Ing. et Ing. Renáta Myšková Ph.D., která svou funkci vykonávala do konce roku 2015. Od 1.1.2016 byla ustanovena do funkce děkanky Fakulty ekonomicko-správní doc. Ing. Romana Provazníková, Ph.D. Od 1. 1. 2020 stojí v čele fakulty prof. Ing. Jan Stejskal, Ph.D.
