Publikace detail

Modeling of Emission Spectra for Molecular Rings - LH2 and LH4 Complexes

Autoři: Horák Milan | Heřman Pavel | Zapletal David

Rok: 2013

Druh publikace: článek ve sborníku

Název zdroje: Physics Procedia

Název nakladatele: Elsevier Science BV

Místo vydání: Amsterdam

Strana od-do: 10-18

Tituly:

Jazyk	Název	Abstrakt	Klíčová slova
cze	Modelování emisních spekter pro molekulární prstenec - komplexy LH2 a LH4	V clánku je prezentována pocítacová simulace stacionárních fluorescencních spekter pro molekulární prstenec (napr. svetlosberný prstenec z LH2 a LH4 komplexu purpurových bakterií). Obecná organizace komplexu LH2 a LH4 je stejná: identické podjednotky se cyklicky opakují tak, že je vytvorena prstencová struktura. Symetrie techto prstencu jsou odlišné: prstenec LH2 je obvykle devíticetný, LH4 osmicetný. Dalším rozdílem je prítomnost ctzr bakteriochlorofylu na podjednotku u LH4 oproti trem u LH2. Dipólové momenty bakteriochlorofylu v prstenci B850 v LH2 mají témer tecné usporádání, zatíco v LH4 jsou usporádány radiálne. Dynamické aspekty v souboru prstencu jsou reflektovány v profilech spektrálních čar. Šírky čar odrážejí kombinovaný vliv ruzných druhu statického a dynamického neporádku. Aby bylo možno se vyhnout rozšírení car v dusledku stredování pres soubor, je nutno pro obdržení fluorescencního spektra použít techniku "single molecule spectroscopy". Pro naše simulace byl užit prstenec silne vázaných dvouhladinových systému. Statický neporádek je zahrnut zároven s dynamickým neporádkem v Markovovské aproximaci. Pro výpocet spektrální odezvy systému s exciton-fononovou vazbou je užita Mukamelova metoda kumulantu. Je provedeno porovnání výsledných fluorescencních spekter pro prstence LH2 a LH4.	LH2; LH4; absorpce; fluorescence; statický a dynamický neporádek; excitonové stavy; Mathematica
eng	Modeling of Emission Spectra for Molecular Rings - LH2 and LH4 Complexes	Computer simulation of steady state fluorescence spectra of the ring molecular systems (resembling, e.g. the light harvesting rings from LH2 and LH4 photosynthetic complexes of purple bacteria) is presented in this paper. The general organization of the LH2 and LH4 complexes is the same: identical subunits are repeated cyclically in such a way that a ring-shaped structure is formed. However, the symmetries of these rings are different: LH2 is usually nonameric but LH4 is octameric. The other difference is the presence of four bacteriochlorophyll molecules per repeating unit in LH4 rather than three ones found in LH2. Transition dipole moments of bacteriochlorophylls in B850 ring of LH2 have nearly tangential orientation whereas in LH4 they are organized in a more radial fashion. The dynamical aspects in ensemble of rings are reflected in optical line shapes of electronic transitions. The observed linewidths reflect the combined influence of different types of static and dynamic disorder. To avoid the broadening of lines due to ensemble averaging one uses the single-molecule spectroscopy technique to obtain a fluorescence-excitation spectrum. For our simulations we have used the ring of tightly bound two-level systems. Static disorder is taken into account simultaneously with dynamic disorder in Markovian approximation. The cumulant-expansion method of Mukamel et al. is used for the calculation of spectral responses of the system with exciton-phonon coupling. Comparison of steady state fluorescence spectra for B850 ring from LH2 and LH4 ring is done.	LH2; LH4; absorption; fluorescence; static and dynamic disorder; exciton states; Mathematica

Vyhledávání

Přihlášení pro studenty

Přihlášení pro zaměstnance

Publikace detail

Ústavy

Pracoviště

Jak nás najdete?

Služby

Často hledáte