Publication detail

Fluctuations of Bacteriochlorophyll’s Positions in B850 Ring from Photosynthetic Complex LH2

Authors: Heřman Pavel | Zapletal David

Year: 2016

Type of publication: článek v odborném periodiku

Name of source: International Journal of Mathematics and Computers in Simulation

Page from-to: 381-389

Titles:

Language	Name	Abstract	Keywords
cze	Fluktuace poloh bakteriochlorofylů v prstenci B850 z fotosyntetického komplexu LH2	Interakce s okolím silně ovlivňuje vlastnosti světlosběrných (LH) pigment-proteinových komplexů. Některé z těchto interakcí mohou být modelovány jako různé typy statického nepořádku. V tomto článku jsou zkoumány fluktuace poloh bakteriochlorofylu v prstenci B850 z LH2 komplexu z purpurových bakterií, přičemž je předpokládán model interakce mezi nejbližšími sousedy. V úvahu jsou brány čtyři modifikace takového nekorelovaného statického nepořádku (fluktuace poloh v radiálním směru, fluktuace poloh podél prstence, fluktuace poloh ve směru kolmém k prstenci a fluktuace poloh v libovolném směru). Jsou spočteny nejdůležitější statistické vlastnosti distribucí transfer integrálu mezi nejbližšími sousedy pro uvedené typy statického nepořádku. Výsledky jsou diskutovány a porovnány. Jsou prezentována simulovaná absorpční a stacionární fluorescenční spektra pro model periferní cyklické anténní jednotky LH2 z purpurových bakterií. V rámci modelu plného hamiltoniánu jsou počítána spektra pro komplexnější systém (prstenec B850 a B800) a tyto výsledky jsou porovnávány s předchozími výsledky získanými v rámci modelu aproximace nejbližších sousedů. Do simulací je zahrnut dynamický nepořádek - interakce s fononovou lázní v Markovovské aproximaci - současně s nekorelovaným statickým nepořádkem v lokálních excitačních energiích. Pro výpočet spektrální odezvy systému s exciton-fononovou vazbou je použita Mukamelova metoda kumulantů. Je též zkoumána lokalizace excitonových stavu.
eng	Fluctuations of Bacteriochlorophyll’s Positions in B850 Ring from Photosynthetic Complex LH2	Interactions with environment have large impact on the properties of light–harvesting (LH) pigment–protein complexes. Some of these interactions could be modeled by different types of static disorder. Fluctuations of bacteriochlorophyll’s positions in B850 ring from LH2 complex of purple bacteria are investigated in present paper. The nearest neighbour approximation model of the ring is considered. Four modifications of such uncorrelated Gaussian static disorder type (fluctuations of radial positions of molecules on the ring, fluctuations of angular positions of molecules on the ring, fluctuations of molecular positions in perpendicular direction to the ring plane and fluctuations of molecular positions in arbitrary direction) are taking into account. The most important statistical properties of the nearest neighbour transfer integral distributions for different strengths of static disorder are calculated, discussed and compared.	LH2; B850 ring; static disorder; Hamiltonian; transfer integral distributions

Search

Login for students

Login for employees

Publication detail

Map

Services

Popular Links