Publication detail

Simulation of Emission Spectra for LH4 Ring - Fluctuations in Radial Positions of Molecules

Authors: Heřman Pavel | Zapletal David

Year: 2015

Type of publication: článek v odborném periodiku

Name of source: International Journal of Biology and Biomedical Engineering

Page from-to: 65-74

Titles:

Language	Name	Abstract	Keywords
cze	Simulace emisních spekter pro prstenec LH4 - fluktuace radiálních pozic molekul	Jsou prezentovány výsledky počítačových simulací stacionárních fluorescenčních spekter a absorpčních spekter pro prstencové molekulární systémy. Pomocí takového systému může být modelována cyklická periferní anténní jednotka LH4 z bakteriálního fotosystému purpurových bakterií. Pro výpočet spektrální odezvy systému s exciton-fononovou vazbou je užita Mukamelova metoda kumulantů. V simulacích je zahrnut vliv dynamického nepořádku, interakce s lázní v Markovovské aproximaci společně s nekorelovaným statickým nepořádkem v radiálních pozicích molekul. Je též studována a diskutována lokalizace excitonových stavů. Porovnáváme výsledky pro prstenec LH4 získané v rámci modelu plného Hamiltoniánu s našimi předchozími výsledky počítanými v rámci aproximace nejbližších sousedů. Je též provedeno porovnání výsledků získaných pro různé typy statického nepořádku.	LH4; absorpční a fluorescenční spektrum; statický a dynamický nepořádek; excitonové stavy; lokalizace
eng	Simulation of Emission Spectra for LH4 Ring - Fluctuations in Radial Positions of Molecules	Results of computer simulation of steady state fluorescence spectra and absorption ones for ring molecular systems are presented. The peripheral cyclic antenna unit LH4 of the bacterial photosystem from purple bacteria can be modeled by such system. The cumulant-expansion method of Mukamel et al. is used for the calculation of spectral responses of the system with exciton-phonon coupling. Dynamic disorder, interaction with a bath, in Markovian approximation simultaneously with uncorrelated static disorder in radial positions of molecules are taking into account in our simulations. Also localization of exciton states is studied and discussed. We compare calculated results for LH4 ring obtained within the full Hamiltonian model with our previous results within the nearest neighbour approximation model. Comparison with the results calculated within different types of uncorrelated static disorder is also done.	LH4; absorption and fluorescence spectrum; static and dynamic disorder; exciton states; localization

Search

Login for students

Login for employees

Publication detail

Map

Services

Popular Links